Biostatistique, Biomathématique, Bioinformatique

mercredi 4 mars 2015

Les interactions les plus fréquentes ont été du fait du LBBE et BF2I, c’est-à-dire des deux laboratoires membres de la FR BioEnviS pour lesquels il existe une composante modélisation forte. Ce sont également ces deux unités qui sont les principaux contributeurs du PRABI en termes de développements bioinformatiques pour ce qui concerne la composante Doua de ce pôle régional. Du point de vue biologique, les questions abordées sont principalement l’étude de traits biologiques en écologie, les interactions hôte-symbiote et les réseaux métaboliques. Du point de vue méthodologique, les approches originales utilisées vont des méthodes d’analyses multivariées avec couplage de tableaux à la théorie des graphes en passant par les modèles de croissance.


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Ecologie Statistique

Un des axes de recherche fort de la FR BioEnviS est le développement de méthodes multivariées appliquées à l’analyse des données écologiques. Au cours de cet exercice 2009-2014 un bon exemple d’interaction inter-unités (dans ce cas LBBE-LEHNA) ayant nécessité le développement d’approches statistiques nouvelles pour traiter des données de ce type est représenté par les travaux conduits par le groupe de Stéphane Dray.


 
BioInformatique et algorithmie

Une collaboration comportant des développements méthodologiques originaux est le travail effectué entre le LBBE et BF2I sur l’analyse des échanges métaboliques réalisés entre trois partenaires d’une relation endosymbiotique : les deux bactéries Sulcia muelleri et Baumannia cicadellinicola et leur hôte, la cicadelle Homalodisca coagulata. L’étude en question, fondée sur l’utilisation d’un algorithme dérivé de la théorie des graphes, a permis de mettre en évidence les complémentarités au niveau métabolique entre les deux bactéries ainsi que leur implication asymétrique dans ces phénomènes. Ces aspects relatifs à l’analyse des données du métabolisme se sont également concrétisés par la mise en place de MetExplore. Ce système consiste en un pipeline d’analyse accessible en ligne (http://metexplore.toulouse.inra.fr) et permettant de relier des résultats expérimentaux obtenus au moyen de techniques haut débit avec des réseaux métaboliques construits au moyen d’outils bioinformatiques.


 
Modélisation

Dans le cadre de l’écotoxicologie, qui s’insère dans le plan national d’actions sur les polychlorobiphényles (PCB) adopté en février 2008, une collaboration LBBE-LEHNA-IRSTEA a étudié la relation entre la contamination des sédiments et celle des poissons dans le Rhône de manière à prédire, in fine, un niveau seuil de PCB dans les sédiments au-dessus duquel les poissons ne seraient pas conformes au seuil réglementaire. Dans ce même cadre, une collaboration LBBE-LEHNA s’est focalisée sur le devenir d’une communauté réduite à quelques espèces modèles au sein d’un micro-écosystème reconstitué, sous différents scénarios d’exposition au cadmium.
 
 
Contacts :
Stéphane DRAY - LBBE (Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive)
Sylvain DOLEDEC - LEHNA (Laboratoire d’Ecologie des Hydrosystèmes Naturels et Anthropisés)


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