Appels à projets 2021

lundi 22 mars 2021
par  Laurence Lacroix

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Projet Lowinseq :
Séquencer un génome à partir d’une faible d’ADN ( 10ng) représente un défi technologique de taille. Lever ce verrou technologique permettrait d’améliorer notre capacité à décrypter la biodiversité. Le présent projet de collaboration entre le DTAMB et le LBBE, vise à établir un tel protocole en utilisant la technologie Oxford Nanopore. Cette technologie présente l’intérêt de générer de grands fragments, permettant ainsi l’assemblage de génomes eucaryotes. Ces protocoles seront envisagés sur 2 modèles insecte.
UMR5558 (J.Varaldi) - UMR5558 (N.Burlet) - DTAMB (J.Briolay)
 
 
 
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Projet RetroMap :
Développement d’un protocole d’enrichissement associé au séquençage des longs fragments d’ADN par la technologie Oxford Nanopore afin d’identifier simultanément les sites d’intégration et séquences provirales, des β-rétrovirus endogènes et exogènes, impliqués dans un cancer du poumon chez les ovins.
UMR754 IVPC (J.Turpin, C.Leroux) - DTAMB (J.Briolay) - PRABI-AMSB (V.Navratil, D.Guyot)
 
 
 
Projet PepSYM :
Le projet PepSYM s’intéresse à l’aulne glutineux (Alnus glutinosa) (important dans la structuration et la réhabilitation des sols appauvris en azote) qui établit une symbiose avec l’actinobactérie fixatrice d’azote, Frankia. En effet, nous cherchons à identifier les acteurs moléculaires végétaux qui entrent en jeu dans cette symbiose et particulièrement à connaitre le potentiel des peptides antimicrobiens (PAMs) sécrétés par la plante. Pour cela, nous allons mettre au point la technologie long reads (MinION nanopore) sur ce modèle pour caractériser plus finement - au niveau génomique et transcriptomique - les peptides antimicrobiens (et leurs isoformes) qui sont sécrétés par la plante en réponse à la symbiose avec Frankia.
UMR5557 LEM (H.Bouakri) - UMR5557 LEM (P.Pujic, P.Normand) - DTAMB (J.Briolay) - PRABI-AMSB (V.Navratil, D.Guyot)
 
 
 
Projet Respir :
Décryptage des nouvelles voies de respirations anaérobies chez Dickeya dadantii :
Mise en évidence des gènes impliqués et de leur conservation chez les bactéries phytopathogènes
Les bactéries sont omniprésentes et occupent une très grande variété de niches écologiques, en particulier la rhizosphère, le volume de sol sous l’influence des racines des plantes, où l’activité microbienne est intense grâce à l’exsudation racinaire de molécules majoritairement carbonées (Haichar et al., 2014). La rhizosphère est également un environnement très changeant où la pression en oxygène peut devenir rapidement un facteur limitant pour la croissance des rhizobactéries. Afin de coloniser efficacement la plante, les bactéries doivent s’adapter à ces changements en exprimant des traits génétiques et physiologiques spécifiques appelés "compétence rhizosphérique" leur conférant ainsi un avantage adaptatif. La capacité à respirer en anaérobiose les composés carbonés exsudés par la plante pourrait constituer un avantage physiologique pour les rhizobactéries et plus particulièrement pour les bactéries phytopathogènes. En effet, ces dernières doivent faire face à de nombreux défis spécifiques pour coloniser et/ou infecter les plantes (Mendes et al., 2013). Ainsi, pour Dickeya dadantii, un phytopathogène capable de coloniser différentes plantes et de vivre dans des environnements anoxiques de la rhizosphère et dans les tissus de plantes (Chen et al., 2019), la capacité à croître en conditions anoxiques représente un trait favorisant son développement et sa dissémination. L’objectif de ce projet est de mettre en évidence les types de respiration anaérobie de composés carbonés présent chez D. dadantii et ainsi à mieux comprendre son pouvoir pathogène.
UMR5240 MAP (F.Haichar) - UMR5558 LBBE (C.Brochier Armanet) - UMR5240 MAP (F.Hommais, P.Oger)
 
 
 
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Projet Roimaje :
Les plantes aquatiques invasives ont des conséquences pouvant être néfastes sur les milieux et sur les services écosystémiques qu’ils assurent. Le projet vise à comprendre comment l’ombrage pourrait permettre de réduire les capacités de compétition de la jussie au bénéfice des plantes natives comme la menthe. Il s’appuie sur la compréhension des mécanismes fonctionnels d’interaction trophiques et chimiques via la mesure de différents traits.
UMR5023 LEHNA (A.Vernay) - UMR5023 LEHNA (F.Piola, S.Puijalon, C.Boisselet, S.Poussineau, L.Simon) - Serre et chambres climatiques(F.Bertolla)
 
 
 
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Projet Depisa :
Dans le contexte du projet « Dynamique spatio-temporelle de l’Expression de Pompe à efflux dans l’Interaction Stenotrophomonas maltophilia-Amibes. » (DEPISA), nous allons étudier par microscopie confocale, la dynamique spatio-temporelle de l’expression des différentes pompes à efflux dans le cadre de l’interaction S. maltophilia-amibes via la construction de systèmes rapporteurs.
UMR5557 LEM (T.Meyer) - CTµ (H.Salmi)
 
 
 
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Projet PBTKTD :
Revisite des modèles de survie pour une meilleure évaluation du risque environnemental.
Les modèles de survie intégrant simultanément la dépendance à la concentration et au temps d’exposition comme variables explicatives sont aujourd’hui reconnus comme les outils à privilégier pour une approche quantitative des risques environnementaux, en particulier pour l’exposition aux contaminations chimiques et la faune aquatique. Ce projet propose d’améliorer encore leurs performances par la prise en compte de l’organo-tropisme dans la toxicocinétique des contaminants (concentrations internes aux organismes) afin de mieux décrypter leur devenir et leurs effets dans l’organisme. L’enjeu est d’identifier des organes clés susceptibles de stocker durablement ces substances, de manière préférentielle, avec la perspective ensuite de mieux prédire la dynamique des effets létaux des contaminants en cas d’exposition variable dans le temps.
UMR5558 LBBE (S.Charles) - UMR5558 LBBE (C.Lopes) - RiverLy (A.Chaumot, O.Geffard)


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