Appels à projets 2018

vendredi 2 mars 2018

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La recombinaison homologue est un processus fondamental, conservé chez la plupart des organismes cellulaires (bactéries, archées, eucaryotes). Jusqu’à présent, la recombinaison a été considérée principalement au travers des bénéfices qu’elle procure aux organismes (réparation des cassures double-brin de l’ADN, génération de diversité génétique). Cependant, la recombinaison induit un phénomène de conversion génique biaisée (gBGC), qui peut interférer sur l’efficacité de la sélection et provoquer des effets majeurs sur l’évolution des génomes. Notre objectif est de poursuivre la détection du gBGC dans l’arbre du vivant et plus particulièrement tester directement son existence chez l’archée Pyrococcus furiosus.
UMR5557 (F. Bertolla) - UMR5240 (P. Oger) - UMR5558 (L. Duret, V. Daubin) - DTAMB prestation.
 
 
JPEG - 29.6 ko Ce projet vise à étudier un le génome d’Ascogregarina taiwannensis, un symbiote eucaryote de premier plan chez les moustiques. Il aura pour objectif d’explorer les mécanismes évolutifs et co-évolutifs (hôte – symbiote) au sein d’un groupe de microorganismes d’intérêt majeur en santé publique.
UMR5557 (G. Minard, A. Dubost) - DTAMB (J. Briolay)
 
 
 
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« La plasticité phénotypique intra- et transgénérationnelle permet aux individus de répondre rapidement à des changements des conditions environnementales. L’objectif de ce projet est de tester l’influence des signaux chimiques de prédation intragénérationnelle et entre les générations sur les patrons d’expression de gènes chez P. acuta. »
UMR5023 (E. Luquet, S. Plénet, C. Dégletagne, J. Tariel, L. Konecny, T. Lefébure) - PRABI AMSB (V. Navratil, C. Oger, D, Guyot, P. Veber, G Perrière).
 
 
PNG - 16.7 ko « Isolement de microorganismes eucaryotes à l’aide de sondes magnétiques ». L’objectif à long terme de ce projet est de séparer et purifier des cellules de microorganismes eucaryotes à partir d’échantillons complexes tel que le sol à l’aide de sondes ciblées magnétiques par une approche HCR (Hybridization Chain Reaction). Ce projet permettra d’étudier dans un premier temps la faisabilité de cette approche sur des cellules eucaryotes modèles, Saccharomyces cerevisiae.
UMR5557 (L. Fraissinet-Tachet) - UMR5005 Ampère (P. Simonet, M. Frénéa-Robin).
 
 
PNG - 14.9 ko A cause de leur composition très riche en ADN répété, les chromosomes Y sont notoirement difficiles à séquencer et ils sont restés jusqu’à maintenant en dehors de ce qu’on appelle la "révolution génomique”. Dans ce projet, nous allons utiliser une technique de séquençage 3ème génération (MinION) pour séquencer le chromosome Y géant d’une plante (le compagnon blanc) qui fait 550 Mb. Cette technique produit des lectures longues qui devraient faciliter l’assemblage des lectures du Y contenant de nombreuses répétitions.
UMR5558 (G. Marais, C. Fruchard, N. Burlet, A. El Filali) - DTAMB (J. Briolay).
 
 
PNG - 20.9 ko "Les systèmes de sécrétion de type VI : une clé de l’écologie d’Agrobacterium ?"
Ce projet propose de comprendre les bases de la compatibilité des différentes espèces du genre Agrobacterium au sein de l’environnement en analysant leurs répertoires d’effecteurs/protéines d’immunité de systèmes de sécretion de type VI (SSTVI). Un dispositif expérimental mis en place dans le cadre de ce projet permettra d’explorer efficacement et rapidement les compétitions entre les différentes espèces.
UMR5557 (C. Lavire, D. Kahn, L. Vial) - UMR5558 (G. Perrière).
 
 
JPEG - 19.9 ko "Séquençage de mitogénomes avec l’approche Nanopore"
Nous allons développer le séquençage de mitogénomes complets de campagnols roussâtres en utilisant la méthode Nanopore couplée à du multiplexage à partir de 2 fragments PCR chevauchants. L’objectif est une nette amélioration de la phylogéographie de cette espèce, en évitant de séquencer des copies nucléaires, et en utilisant tout le génome mitochondrial plutôt qu’un seul gène.
UMR5558 (P. Chevret) - DTAMB (J. Briolay) - PRABI AMSB (C. Oger).
 
 
PNG - 9.8 ko La méthode CrispR interférence a émergé ces dernières années comme une nouvelle manière d’étudier la fonction des gènes. Classiquement, l’étude de la fonction d’un gène chez une bactérie passe par l’obtention d’un mutant de ce gène puis par l’observation des conséquences de cette mutation sur l’organisme. Or, les techniques de recombinaison permettant ce faire ces manipulations génétiques ne fonctionnent pas chez certaines bactéries, rendant très compliqué leur étude. La technologie CrispRi se présente comme une solution à ce problème. L’objectif du projet est de développer cet outil pour l’ensemble des bactéries étudiées au sein de la FR BioEnviS.
UMR5240 (E. Gueguen) - UMR5557 (L. Vial, Z. Haichar, F. Bertolla, C. Pringent-Combaret, F. Wisniewski-Dyé)
 
 
PNG - 17.6 ko La mélatonine, hormone clé de la régulation des rythmes biologiques est sécrétée la nuit en absence de source lumineuse. Afin d’évaluer l’impact de la pollution lumineuse nocturne sur la physiologie des animaux, nous devons mettre au point un dosage fiable de cette neurohormone. Ce projet vise à valider par HPLC le dosage de la mélatonine par qPCR (méthode moins couteuse en terme d’échantillons biologiques) sur deux modèles : crapauds (Bufo bufo) et parasitoïdes (Venturia canescens).
UMR5023 (N. Mondy, T. Lengagne) - UMR5558 (I. Amat, E. Desouhant) - Eco Aquatron (A. Clair) - CESN (G. Meiffren).


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